서론

진단 샘플의 PCR 표적(targets)은 검사 전 수집, 보관, 운송 및 처리 과정에서 다양한 불리한 조건(예: 시간 경과에 따른 온도 범위)에 노출되지만, 이러한 조건이 PCR 결과에 미치는 영향은 거의 밝혀지지 않았습니다. 본 연구에서는 모든 돼지 유래 검체에 내재된 돼지 특이적 '내부 검체 대조군(ISC; internal sample control)'과 혈청, 구강액, 분변 검체에서 시간대별 보관 온도가 PRRSV(PRRS 바이러스) RNA 검출에 미치는 영향을 RT-qPCR로 평가했습니다. 

재료 및 방법

이 연구에 사용된 혈청 샘플(n = 5)은 야외형 PRRSV를 실험적으로 접종한 돼지의 샘플입니다. 구강액(n=5) 및 분변 샘플(n=5)은 개별적으로 사육된 돼지에 PRRSV MLV(Ingelvac® PRRS MLV)를 백신으로 접종한 돼지에서 채취했습니다. 이어 각 샘플을 28개의 분주시료(aliquot, 500uL)로 나누고 각 분주시료를 각각의 시간별 온도에 따라 처리(적용)했습니다(예, 24, 48, 72, 96, 120, 144, 168시간별 4, 10, 20, 30°C). 

모든 처리를 완료한 후, 샘플은 PRRSV와 ISC를 동시에 검출하는 상용 RT-qPCR을 사용하여 테스트했습니다(IDEXX Laboratories, Inc.). RT-qPCR 검사에서 나온 Cq값을 효율성 표준화 Cq(ECq)로 재표현한 후, 분석을 위해 ECq를 큐브 루트로 변환하고, 시간별 보관 온도의 영향을 R 4.1.0을 사용한 혼합 효과 회귀(MRM) 모델로 분석했습니다(R core team, 2020). 

결과

혈청에서 PRRSV는 4, 10, 20°C에서 안정적이었지만(p > 0.05) 30°C에서는 안정적이지 않았으며(p <0.05), 24시간마다 0.11 ECq가 감소한 것으로 추정되었습니다. ISC의 경우, 20°C와 30°C에서 각각 0.07과 0.10의 ECq 손실이 관찰되었습니다. 구강액에서는 모든 온도에서 PRRSV와 ISC의 감소가 관찰되었으며(p <0.05), 4, 10, 20, 30°C에서 24시간마다 추정되는 ECq 감소는 PRRSV의 경우 각각 0.03, 0.05, 0.07, 0.08, ISC의 경우 0.02, 0.04, 0.05, 0.05였습니다. 분변 샘플에서는 4°C 또는 10°C에서 0.05 및 0.06, 20°C 또는 30°C에서 0.05의 PRRSV ECq가 매일 유의미한(p <0.05) 감소가 관찰되었습니다. ISC의 경우, ECq는 4°C 또는 10°C에서 0.06, 20°C 또는 30°C에서 각각 0.10, 0.08로 감소했습니다. 

결론 및 논의 
전반적으로 혈청을 4, 10, 20°C에서 최대 168시간 동안 보관해도 PRRSV 검출에 거의 영향을 미치지 않았지만 30°C에서는 영향을 받는 것으로 나타났습니다. 혈청 내 ISC는 4°C와 10°C에서 안정적이었지만, 20°C와 30°C에서는 뚜렷한 영향이 관찰되었습니다. 구강액과 분변에서는 4, 10, 20, 30°C에서 보관했을 때 PRRSV 및 ISC 검출이 현저히 감소하는 것이 관찰되었습니다. 이 데이터에 근거하여 PRRSV RT-qPCR 검사를 위한 혈청은 20°C 이하에서 보관할 것을 권장합니다. 이와는 대조적으로, 구강액과 분변 샘플은 검출 가능한 PRRSV RNA의 손실을 방지하기 위해 냉동 보관해야 합니다. 

감사의 말 
PRRSV RT-qPCR 검사는 IDEXX Laboratories, Inc.의 일부 지원으로 진행되었습니다.

[Effect of storage temperature by time on prrsv detection by rt-qPCR, Dr. Berenice Munguia-Ramirez(Iowa State University), APVS 2023]

번역 및 정리 돼지와사람(pigpeople100@gmail.com)