서류(농어업경영체 등록 확인서)를 제출하지 않아 법인세를 감면받지 못한 2,700여 개 영농조합 법인이 이미 납부한 법인세 약 170억 원을 돌려받을 수 있을 것으로 보입니다.

국민권익위원회(위원장 유철환, 이하 국민권익위)는 최근 '세법'상 과세 시효 기간(부과제척기간)이 지났더라도 영농조합 법인의 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 주도록 국세청에 의견표명 했다고 밝혔습니다.

A영농조합 법인은 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하면서 식량작물재배업소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고했습니다.

과세관청은 '조세특례제한법 시행령'에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면대상에 해당한다고 보고 이를 제출하지 않은 A영농조합 법인에 대해 감면받은 세액을 추징했습니다. 당시 해당 법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했습니다.

반면, A영농조합 법인과 같은 내용으로 법인세를 부과받은 B영농조합 법인은 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기했습니다.

대법원은 지난해 3월 '조세특례제한법 시행령' 상 농어업경영체등록확인서를 제출하도록 한 규정은 '조세특례제한법'의 위임을 벗어난 것으로, 농어업경영체등록확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정해 B영농조합 법인이 최종 승소했습니다.

국세청은 대법원 판결에 따라 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해 줬으나 '세법' 상 과세 시효 기간이 경과한 경우에는 소송 당사자가 아니면 부과처분을 취소할 수 없다는 이유로 2017년 이전분에 대해서는 환급해 주지 못하고 있었습니다.

이에 A영농조합 법인은 이미 납부한 법인세를 환급해 달라며 국민권익위에 고충민원을 신청했습니다.

국민권익위는 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 조합법인이 더 있을 것으로 보고 국세청의 협조를 받아 전체적인 실태를 파악했습니다.

그 결과, 법인세를 부과받은 영농조합 법인이 전국적으로 총 2,700여 곳, 법인세 총액은 약 170억 원에 달하는 것으로 나타났습니다.

국민권익위는 ▶구 '조세특례제한법' 제66조에서 영농조합법인을 법인세 면제요건으로 하고 있는 점 ▶ㄱ 영농조합법인은 '농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률'에 따라 설립된 점 ▶대법원도 농어업경영체등록확인서 제출은 협력의무에 불과하고 법인세 감면 요건에 해당하지 않는다고 판시한 점 등을 종합적으로 고려했습니다.

이에 비록 세법상 과세 시효 기간이 지났더라도 A영농조합 법인에게 법인세 감면을 적용해 환급하고 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 나머지 2,700여 영농조합법인, 약 170억에 대해서도 법인세 감면을 적용해 환급하는 것이 타당하다고 결정했습니다.

국세청은 국민권익위의 결정을 받아들여 과세 시효 기간이 경과한 영농조합 법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과처분을 취소하기로 했습니다.

또 지난해 '세법' 개정으로 인해 올해 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을수 있다는 사실을 영농조합 법인들에게 적극 안내할 예정이라고 밝혔습니다.

국민권익위 양종삼 고충처리국장은 “이번 결정으로 국가 식량안보의 한 축을 맡고 있는 전국 영농조합법인들이 '세법' 상 미비로 인해 적용받지 못할뻔했던 감면 혜택을 받아 약 170억 원의 세금 부담을 덜 수 있게 됐다"라며 “앞으로도 민원 처리에 납세자가 '세법' 상 혜택을 충분하게 받을 수 있도록 최대한 노력하겠다"라고 말했습니다.

한편, 농식품부 농업경영체 등록정보 현황서비스(바로가기)에 따르면 '22년 기준 전국의 양돈 관련 농업법인 숫자는 576개로 파악됩니다(농업인은 4,871개). 지역별로 충남이 114개로 가장 많고 이어 경기와 전남이 81개, 경북이 72개, 전북이 66개, 경남이 50개, 충북이 47개, 강원이 33개, 제주가 26개 등의 순으로 나타났습니다. 

이근선 기자(pigpeople100@gmail.com)