서론 아프리카돼지열병(ASF)은 전염성이 매우 강하고 치명적인 질병으로 사육돼지와 야생멧돼지 모두에게 영향을 미칩니다. ASF는 약 190kbp(킬로베이스 페어)의 이중 가닥 DNA 게놈을 가진 대형 외피 바이러스인 ASF 바이러스에 의해 발생합니다. 최근 몇 년 동안 전 세계적으로 ASF가 급속히 확산되면서 양돈산업에 막대한 경제적 손실이 발생하고 있습니다. 국내에서도 2019년 첫 발생 이후 양돈농가에서 산발적으로 발생하고 야생멧돼지 사이에서 확산되고 있습니다. ASF의 확산을 효과적으로 통제하기 위해서는 ASF 바이러스의 유전적 변이와 역학적 특성을 파악하는 것이 중요합니다. 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술은 ASF 바이러스의 대규모 게놈을 분석하는 강력한 도구를 제공합니다. 재료 및 방법 이 연구에 사용된 전혈 샘플은 ASF 발생 돼지 농장에서 채취했습니다. 그리고 바이러스 DNA를 추출하고 약 200bp로 단편화하여 NGS(next generation sequencing) 라이브러리 준비했습니다. 표적 부위를 캡처하기 위해 NGS 라이브러리와 프로브를 혼성화했습니다. 셀레믹스 타겟 캡처 키트(Celemics target capture kit, 셀
PRRSV 유전자 서열 분석, 시퀸싱 1990년에최초로 보고된 이래 PRRS 바이러스(이하 PRRSV)는 우리 양돈 산업에서 오랜동안 큰 피해를 입혀왔다. 이 PRRSV는 단일 가닥으로 이루어진 RNA 바이러스로서 변이가 용이하여 균주마다 유전자 서열이 꽤 다양한 편이다.사실 그렇기 때문에, 균주가 가진 특이적인 서열은 바이러스를 구분하는데 매우 유용하게 사용될수 있다. 쉽게 설명하면 우리 농장에 돌고 있는 바이러스와 옆 농장에 돌고 있는 바이러스의 구분을 바이러스의서열분석을 통해 확인할 수 있다는 것이다. 바이러스 유전자 서열이 일종의 이름표 역할을 하는 것인데, 최근에는 바이러스의 유전자 서열을 과거에 비해 빠르고 비교적 간단하게 분석할 수 있다. 이러한 서열분석을 시퀀싱(Sequencing)기법이라 한다. 최근 국내에서도 농가에서 직접 PRRSV의 분석에 사용하고 있다. 최근 필자가 접한 글 중에서 PRRSV시퀀싱 결과 분석에 폴란드의 Tomasz Stadejek 교수가 쓴 “Use andinterpretation of sequencing in PRRSV control programs”가 꽤 도움이 되어 소개하고자 한다. PRRSV의 15000개의염
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