지난 2월 5일 충북 보은 젖소농장을 시작으로 O형은 8건, A형은 1건으로 총 9건의 구제역이 발생하였다. O형의 경우는 충북보은 및 전북 정읍에서 발생하였고, A형은 경기 연천 젖소 농장에서 발생하였다. 2월5일에서 13일까지 9일간 발생이후 추가발생은 없었다. 

보은 및 정읍에서 발생한 구제역 O형 바이러스의 유전자 계통 및 상동성(VP1유전자 부위이용)을 분석한 그 결과 O ME-SA 지역형에 Ind/2001d 유전자형으로 판명되었으며 세계표준연구소가 현재 보유하고 있는 FMDV Serotype O, O ME-SA/Ind/2001d 바이러스 중 2016년 러시아 소에서 발생한 바이러스와 상동성이 99.5%로 가장 높은 상동성을 보였다. 그 외, 15년 방글라데시 돼지에서 발생한 바이러스와는 99.4%, 16년 베트남 소 발생 바이러스와는 99.2%, 15년 부탄 소에서 발생한 바이러스와는 99.1%의 상동성 순으로 나타났다. 

14년∼16년 우리나라 발생 O형 구제역발생 바이러스의 지역형은 SEA, 유전자형은 Mya-98 로 이번 발생한 바이러스와 구별되며 유전자 상동성 또한 81.3∼81.5%로 낮은 일치율을 나타내었다.   

2월 8일 연천 젖소 농가에서 발생한 A형 바이러스의 유전자 계통 및 상동성(VP1유전자 부위이용)을 분석한 결과 ASIA지역형내 Sea-97 유전자형으로 판명이 났다. 세계표준연구소가 현재 보유하고 있는 FMDV Serotype A, A/ASIA/Sea-97 바이러스 중 16년 베트남 소, 돼지에서 발생한 바이러스와 99.8%로 가장 높은 상동성을 보였다. 그 외 15년 미얀마 소에서 발생한 바이러스와는 99.7%, 14∼15년 태국에서 소에서 발생한 바이러스와는 99.5%, 13년 러시아 소에서 발생한 바이러스와 99.5%, 13년 중국 소, 돼지에서 발생한 바이러스와는 99.5%의 높은 유전자 일치율을 나타내었다. 

2010년 과거 우리나라 포천에서 발생했던 A형 구제역바이러스는 A/ASIA/Sea-97 로 이번 발생한 바이러스와 동일한 지역형, 유전자형이나, 유전자 상동성이 91.41%로 위에서 열거한 다른 바이러스와 달리 일치율이 낮았다. 

이번 구제역 발생은 과거와 달리 O형과 A형이 두가지 형의 바이러스가 동시에 발생하였고 또한 모두 외국에서 최근에 발생하고 있는 바이러스와의 상동성이 여느때와는 달리 99.5%를 웃도는 높은 유전자 일치율을 보였다는 것이 특이할 만한 상황이다.